Situata lungo la via Flaminia è sede dell’eponima confraternita tra le più antiche e longeve della città. Risalente al XIV secolo la fraternità si intitolò alla Madonna della misericordia solamente nella seconda metà del XVI secolo. Le attività principali per le quali l’istituto religioso riceveva sostentamento dalla chiesa e dal pubblico erano quelle di assistenza agli esposti e alle giovani abbandonate ed indigenti.
La chiesa presenta una facciata ad intonaco sulla quale compare un affresco con una Madonna col Bambino e Santi del XVI secolo. Il massiccio portale (1537) conduce all’interno della chiesa ad unica navata voltata a crociera con conchiglioni a decorazione degli angoli di imposta. Al centro dell’altare è un baldacchino marmoreo che protegge il gruppo policromo in terracotta della Madonna della Misericordia. Nelle vele della volta sono i quattro Santi evangelisti che la storiografia ha erroneamente attribuito ai Salimbeni. Sulle pareti laterali ad ornamento degli altari sono due dipinti di Claudio Ridolfi raffiguranti rispettivamente La Strage degli Innocenti con la predella di medesima iconografia opera di Girolamo Cialdieri e la Visitazione. Della trecentesca decorazione parietale rimango ampi frammenti scampati allo scialbo perché situati nell’intercapedine generata tra l’antico soffitto a capriata ed il successivo spazio voltato. Staccati dall’intradosso dell’antica volta i frammenti di maggiori dimensioni sono esposti all’interno dell’aula. Si tratta di una Crocifissione, una scena con il Martirio di Sant’Apollonia ed un Compianto sul Cristo morto. A questi si aggiungono due frammenti di dimensioni ridotte con il San Bernardino da Siena, e l’altro, dirimpetto, Sant’Onofrio. Si è fatto il nome di Jacopo Bedi per il Martirio di Sant’Apollonia, mentre per i restanti affreschi è stata individuata un’affinità stilistica con i dipinti che decorano la maestadella della Chiesa di Montemartello e dei lacerti riaffiorati dagli intonaci della Chiesa di San Domenico, ipotizzandone una comune cultura figurativa.